Chính phủ và cả ba nhánh quyền lực được kiểm soát độc lập bởi Văn phòng Thanh tra (tiếng Filipino: Tanodbayan). Thanh tra Philippines được trao nhiệm vụ điều tra và truy tố bất kỳ quan chức chính phủ nào bị cáo buộc phạm tội, đặc biệt là tội hối lộ và tham nhũng. Thanh tra Philippines có sáu người gồm Tổng đại diện, Đại diện Luzon, Đại diện Visayas, Đại diện Mindanao, Đại diện Lực lượng vũ trang và Kiểm sát viên Đặc biệt.